Hallo Riedi,
wenn du die Wiederherstellung definierst, hast du im Ghost 2003 die Option "Laufwerk aktivieren" (zum Starten des Betriebssystems), die das wiederhergestellte Laufwerk in die aktive Partition (das Laufwerk, von dem der Computer gestartet wird) ändert. Die Option kannst du im Fenster „Wiederherstellung“ ändern.
Deine externe Festplatte darf nicht aktiv sein, weil du von der nicht booten willst und sich auf der kein Betriebssystem befindet.
Zu den Partitionen kann ich mit Sicherheit sagen, dass Ghost keine Partitionen erstellt, die nicht da sind. Woher weisst du, dass die beiden Partitionen vom Ghost erstellt worden sind?
Grüsse,