Bei mir ist es das gleiche Phänomen.
Mein System ist extrem träge, es dauert teilweise 20 Sekunden bis der Explorer sich öffnet (3,3Ghz OctoCore CPU!).
Das passiert allerdings erst sobald ein Prozess namens "ccsvchst.exe" durchgehend 13% CPU beansprucht. Der Prozeß läuft unter dem System Account, weswegen ich vermute, daß er im Kernel Mode läuft und das System so dermaßen blockiert. Der Prozeß läuft über Stunden auf dieser Last. Nach einem Boot ist er wieder bei 0%. Irgendwann springt es dann an und scheint das System zu scannen - ich vermute es ist der Prozeß der im Hintergrund das System scannt, wenn die CPU "nichts zu tun" hat.
Man kann mit dem System fast nicht mehr normal arbeiten!!
(Bild vom Leistungsfenster angehangen)